胆汁酸在肠道代谢、细胞信号传导和微生物群组成中发挥着关键作用。
虽然肝脏负责合成初级胆汁酸，但肠道中的细菌会通过代谢改造这些化合物，从而增加其多样性并增强其生物功能。截至2022年，已鉴定出70多种次级胆汁酸。
肠道微生物群通过脱去氨基酸（甘氨酸或牛磺酸）、脱羟基、脱氢以及C-5位点的异构化来改造胆汁酸，从而产生异构胆汁酸；同时通过羟基的异构化产生同构胆汁酸。 最近的研究发现，肠道微生物群还能使胆汁酸重新结合，从而产生一类被称为微生物结合胆汁酸（MCBA）的新型化合物。这些次级胆汁酸化学结构的改变已被证实与多种疾病有关，例如肝硬化、炎症性肠病和癌症。关于肠源性胆汁酸复杂的化学多样性及其与微生物群的相互作用，目前所知甚少。
胆汁酸通过TGR5信号通路激活肠道干细胞并促进上皮再生
Sorrentino G, Perino A, Yildiz E, El Alam G, Sleiman MB, Gioiello A, Pellicciari R, Schoonjans K. 《胃肠病学》. PMID 32485177 DOI: 10.1053/J.Gastro.2020.05.067.
微生物组对全身化学环境的影响包括新型胆酸结合物
Quinn RA, Melnik AV, Vrbanac A, Fu T, Patras KA, Christy MP, Bodai Z, Belda-Ferre P, Tripathi A, 钟 LK，唐斯 M，韦尔奇 RD，奎因 M，汉弗莱 G，帕尼奇帕克迪 M，韦尔登 KC，阿克塞诺夫 A，达席尔瓦 R，阿维拉-帕切科 J，克利什 C，裴 S，马利克 H，弗兰佐萨 EA，洛伊德-普莱斯 J，布塞尔 R，特隆 T，尼尔森 AT，[…]
揭示宿主与肠道微生物群的相互作用及其对胆固醇水平的影响
Villette R, Kc P, Beliard S, Salas Tapia MF, Rainteau D, Guerin M, Lesnik P. 《药理学前沿》. 2020年4月3日;11:278. doi: 10.3389/fphar.2020.00278. 电子版 2020.
肠道微生物的胆汁酸代谢物会改变巨噬细胞的分化方向，并导致高脂饮食诱发的结肠炎症
王玲玉、贡子珍、张秀媛、朱芳新、刘玉晨、金超志、杜西西、徐从风、陈英伟、蔡伟、田春燕、吴金，《肠道微生物》。2020年11月9日；12(1):1-20。 doi: 10.1080/19490976.2020.1819155.
健康新生儿和儿童粪便胆汁酸的发育模式
熊静静、胡红伟、徐传志、尹建文、刘梅、张立志、段勇和黄永坤。《医学科学监测》2021年第26卷第27期：e.928214。
胆汁酸和肠道细菌在百岁老人健康老龄化中的作用
Bipin Rimal 和 Andrew D. Patterson，《自然》2021年，第599卷（第7885期）。